Компания «Т-Платформы» завершила модернизацию вычислительного кластера по заказу Института им. Н. Ф. Гамалеи
Компания «Т-Платформы» завершила модернизацию вычислительного кластера по заказу Института им. Н. Ф. Гамалеи. Кластер является технологической основой исследовательских работ института в областях молекулярной динамики, химии, биотехнологий и разработки новейших фармпрепаратов.
Для моделирования и компьютерного тестирования разрабатываемых фармацевтических препаратов несколько лет назад руководством института было принято решение о приобретении высокопроизводительного вычислительного комплекса, адаптированного для решения такого рода задач. К началу этого года объем выполняемых на кластере работ настолько возрос, что мощности вычислительных узлов не хватало для решения поставленных задач, и было принято решение о его модернизации. В результате производительность кластера была увеличена вдвое.
В настоящее время одним из основных направлений исследований, проводимых на базе кластера «Т-Платформы», является создание новых препаратов для лечения хронических бактериальных инфекций, вызванных хламидиями. Вычислительные мощности кластера используются для моделирования белков хламидий – мишеней будущих лекарственных препаратов, а также для проведения виртуального скрининга, позволяющего отобрать вещества, которые с наибольшей вероятностью будут поражать выбранные мишени. На сегодняшний день уже завершен первый этап скрининга и отобраны вещества, потенциально способные подавлять один из главных факторов патогенности хламидий. Некоторые из них уже показали антихламидийную активность in vitro, а в ближайшее время планируется расширить спектр тестируемых потенциальных ингибиторов.
Основой модернизированного кластера является универсальная система T-Blade 1.1 с 10-ю вычислительными узлами на базе процессоров Intel Xeon X5670. Пиковая производительность кластера – 2,5 Тфлопс, а реальная эффективность, продемонстрированная на тесте Linpack, превысила 85%.